La storia alterna le vicende di tre coppie diverse: Takahashi Misaki e Usami Akihiko formano la coppia Junjou Romantica, che dà il nome all’anime ed è la protagonista. Kamijo Hiroki e Kusama Nowaki formano la coppia Junjou Egoist, mentre Miyagi Yoh e Takatsuki Shinobu, formano la coppia Junjou Terrorist. Le vicende che si susseguono durante lo svolgimento intrecciano le vite dei personaggi, legandoli l’uno all’altro.
